在实践中，由于公司为员工承担个人所得税的情况不尽相同，在计算方法上要有所选择，企业应该注意。通常情况下，公司承担个人所得税有三种情况。根据国家有关规定，它们各自的个税计算方式都是不同的。
一、公司为员工承担全部个人所得税
很多公司都会许诺为员工全额承担个人所得税，所以公司在缴纳的时候应该注意，必须将员工实际取得的工资薪金所得（即不含税收入）换算成应纳税所得额，一同计算征收的个人所得税。吴女士的企业就是属于这一种情况。计算方法如下：
１、应纳税所得额＝（不含税收入额－费用扣除标准－速算扣除数）／（１－税率）
２、应纳税额＝应纳税所得额×适用税率－速算扣除数
二、公司为员工定额承担个人所得税。
有些公司定额为员工承担个税，即无论工资多少，公司均支付一个个税定额。速算公式如下：
１、应纳税所得额＝员工取得的工资＋公司代员工负担的税款－费用扣除标准
２、应纳税额＝应纳税所得额×适用税率－速算扣除数
三、公司为员工承担一定比例的个人所得税，比如３０％是由员工个人承担，还有７０％是由公司承担的。这样的税收承担比例在计算方法上和前两者也是不同的。
１、应纳税所得额＝（未含公司负担的税款的收入额－费用扣除标准－速算扣除数×负担比例）／（１－税率×负担比例）
２、应纳税额＝应纳税所得额×适用税率－速算扣除数
举例说明：某人月工资，薪金收入人民币１２０００元，公司负担其工资，薪金所得３０％部分的应纳税款，其当月应纳税款计算如下：
应纳税所得额＝（１２０００－４０００－３７５×３０％）／（１－２０％×３０％）＝８３９０．９６（元）
应纳税额＝８３９０．９６×２０％－３７５＝１３０３．１９（元）
需要说明的是，上述公式１中的税率，是指不含税所得按不含税级距对应的税率（见税率表）；公式２中的税率，是指应纳税所得额按含税级距对应的税率；速算扣除数也参照税率表中对应的数字；而费用扣除标准分外籍人士与境内居民而有所不同，简单的说外籍人士费用扣除标准是４０００元，境内居民在上海适用的标准是１０００元。