一些人不太清楚，云南省营业税改征增值税后车船税怎么管理?根据云南省国家税务局 云南省财政厅 云南省地方税务局公告2016年第5号文，一、从事机动车第三者责任强制保险业务的保险机构在代收代缴车船税时，应在开具的增值税发票备注栏中注明实际代收代缴的车船税税款信息，具体内容包括：保险单号、税款所属期(详细至月)、代收车船税款及滞纳金、合计数等。保险机构将注明已收车船税税款信息的机动车第三者责任强制保险的保险单以及增值税发票作为代收税款凭证。

二、纳税人可以凭注明已缴纳车船税税款信息的机动车第三者责任强制保险的保险单以及增值税发票作为缴纳车船税款的会计核算原始凭证。纳税人如需要开具完税凭证的，可以持注明完税信息的机动车第三者责任强制保险的保险单和增值税发票，到保险机构所在地的主管地税机关申请开具完税证明。

三、纳税人在购买机动车第三者责任强制保险时，由扣缴义务人代收代缴车船税的，纳税人不再向车辆登记地的主管地税机关申报缴纳该纳税年度的车船税。清楚以上内容，就知道云南省营业税改征增值税后车船税怎么管理了。