在营改增后，根据应交增值税销项税额减进项税额的缴纳方法，因房地产开发企业在非房地产开发项目存在增值税进项税额，如购进办公用品、固定资产、特别是外购不动产的情况下，这些非房地产开发购进项目的进项税额抵减了销项税额，进而影响到开发项目实际应承担的应交增值税及其附加税费的计算。另外，在公司多个项目同时或交叉进行时，这些附加税费如何划分到项目，目前税法没有明确规定；固定资产、特别是外购不动产这些长期资产的大额进项税额如何在不同清算项目间分配也无具体、可行的操作方法。

现就土地增税清算时，几种可能的附加税费扣除方法，作简要分析：

一、按照项目清算期间实际缴纳的附加税费扣除，可以解决扣除凭证问题，也最简单，但存在下列问题：

1、单一项目运作时，根据应交增值税销项税额减进项税额的计算方法，当存在购进固定资产、特别是外购不动产这些长期资产的巨额进项税额的情况下，将减少清算项目实际应承担的应交增值税及其附加税费，同时减少了清算项目的扣除金额，造成清算项目多缴纳土地增值税；这同现实情况相违背。

2、当多个项目清算项目同时或交叉进行，但清算时间不同，房地产开发企业缴纳的税费附加如何在不同清算项目间进行合理划分没有规定；特别是存在购进上述长期资产时巨额的进项税额情况下，这些巨额的进项税额如果抵减了前一清算项目的应交增值税及其附加税费，将大大降低前一清算项目实际应承担的税费附加，同样造成清算项目多缴纳土地增值税。如何在不同清算项目分配这些进项税额？是按照不同清算项目的预计销售金额还是预计成本金额？按照预计的销售或成本金额分配，将面临与实际金额的差异调整问题，已清算过的项目如何调整？

二、根据实际缴纳的附加税费与清算项目所属的销项税额减进项税额计算的应交增值税的金额计算的附加税费比较后，按照金额孰小确定，也可以解决税费附加扣除凭证的问题，但存在下列问题：

1、需要企业建立项目增值税销项和进项的台账，企业土地增值税清算时准备的资料量大大增加。

2、需要重新制定新的土地增值税申报表（税费附加项目）。

3、当多项目运作，实际缴纳的附加税费大于根据项目销项税额减进项税额后的项目应交增值税的金额计算的附加税费，并且附加税费缴纳凭证需要分割时，分割后未扣除的金额是否需要税务部分出具证明？税务部门怎样出具证明?这些没有明确规定。

4、在实际缴纳的附加税费小于根据项目销项税额减进项税额后的项目应交增值税的金额计算的附加税费，根据实际实际缴纳的附加税费扣除，将减少项目扣除金额，企业多交土地增值税。

5、在清算下一个项目时，需要提供上一个项目扣除附加税费的证明材料，增加土地增税的清算核查工作量和难度。

6、在第一项分析里面存在的问题，同样存在。

三、当单项目运营时，根据项目销项税额减进项税额后的项目实际应交增值税的金额计算的附加税费的结果去确定，是相对较合理而简单的方法，但存在下列问题：

1、需要企业建立项目增值税销项和进项的台账，企业土地增值税清算时准备的资料量大大增加；

2、需要重新制定新的土地增值税申报表（税费附加项目）；

3、当实际缴纳的附加税费小于根据项目销项税额减进项税额后的项目应交增值税的金额计算的附加税费时，无法解决扣除凭证问题。

4、当实际缴纳的附加税费大于根据项目销项税额减进项税额后的项目应交增值税的金额计算的附加税费时，能否按实际扣除？

四、多项目同时运营，分项目建立建立项目所属的增值税销项和进项税额台账，然后按照上述第三项的方法计算扣除，存在下列问题：

1、上述第三项存在的问题同样存在；

2、清算更加复杂。