进项发票没有按时认证抵扣怎么办？分两种情况，如果没有在规定时间内认证，则需层报总局认证。如果在规定时间内认证，但是没有及时抵扣，则主管税局可以批准抵扣。

（一）层报税务总局批准

根据《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号），对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。客观原因包括自然灾害、被盗丢失、司法扣押、经济纠纷、人员离职等。

（二）提请主管税局批准

根据《关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告》（国家税务总局公告2011年第78号，以下简称78号公告），增值税一般纳税人取得的增值税扣税凭证已认证或已采集上报信息，但未按照规定期限申报抵扣，属于发生真实交易，且符合规定的客观原因的，经主管税务机关审核，允许纳税人继续申报抵扣其进项税额。