根据《关于纳税人申请代开增值税发票办理流程的公告》（国家税务总局公告2016年第59号，以下简称59号公告），国税和地税合作的不同情况，程序略有不同。

（一）地税局委托国税局代征税费

在地税局委托国税局代征税费的办税服务厅，纳税人按照以下程序办理：1.在国税局办税服务厅指定窗口：（1）提交《代开增值税发票缴纳税款申报单》；（2）自然人申请代开发票，提交身份证件及复印件；其他纳税人申请代开发票，提交加载统一社会信用代码的营业执照（或税务登记证或组织机构代码证）、经办人身份证件及复印件。2.在同一窗口申报缴纳增值税等有关税费。3.在同一窗口领取发票。

（二）国税地税合作、共建的办税服务厅

纳税人按照以下次序办理：1.在办税服务厅国税指定窗口：（1）提交《代开增值税发票缴纳税款申报单》；（2）自然人申请代开发票，提交身份证件及复印件；其他纳税人申请代开发票，提交加载统一社会信用代码的营业执照（或税务登记证或组织机构代码证）、经办人身份证件及复印件。2.在同一窗口缴纳增值税。3.到地税指定窗口申报缴纳有关税费。4.到国税指定窗口凭相关缴纳税费证明领取发票。

（三）代征税款的范围

根据《关于规范国税机关代开发票环节征收地方税费工作的通知》（税总发[2016]127号，以下简称127号文），地税委托国税机关代征的，国税机关应当在代开发票环节征收增值税，并同时按规定代征城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、个人所得税（有扣缴义务人的除外）以及跨地区经营建筑企业项目部的企业所得税。也可为地税机关代征资源税、印花税及其他非税收入。