对增值税一般纳税人外购货物或销售货物(固定资产除外)所支付的运输费用(代垫运费除外)，根据运费结算单据(普通发票)所列运费金额，依7%的扣除率计算进项税额准予扣除，但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计算扣除进项税额。

　　为了加强公路、内河货物运输行业的税收管理，《国家税务总局关于使用公路、内河货物运输业统一发票有关问题的通知》(国税函〔2004〕557号)作出了规定：“从2004年7月1日起，统一使用公路、内河货物运输业统一发票。”所以，在向提供公路、内河货物运输劳务的单位和个人支付运输费用时，必须取得公路、内河货物运输业统一发票才可以抵扣。

　　(一)运输发票抵扣类型：

　　1、运输单位提供运输劳务自行开具的运输发票;

　　2、允许抵扣的运输发票可以是由“自开票纳税人”开具的，也可以是由“代开票纳税人”开具的。《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》(国税发[2003]121号)对“自开票纳税人”和“代开票纳税人”解释如下：“自开票纳税人，是指符合规定条件，向主管地税局申请领购并自行开具货物运输业发票的纳税人。”“代开票纳税人，是指除自开票纳税人以外的需由代开票单位代开货物运输业发票的单位和个人。”以上所称代开票单位是指主管地税局。经省级地税局批准也可以委托中介机构代开货物运输业发票。

　　3、运输单位主管地方税务局及省地方税务局委托的代开发票中介机构为运输单位和个人代开的运输发票(包括地方税务局代开部份)准予抵扣;

　　4、被认定为自开票纳税人的联运单位和物流单位开具的货物运输发票也准予计算抵扣进项税额。

　　5、其他单位代运输单位和个人开具的运输发票一律不得抵扣。

　　(二)准予抵扣的货物运费金额：

　　指自开票纳税人和代开票单位为代开票纳税人开具的货运发票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用，装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。 (国税函[1995]第288号)

　　(三)准予抵扣的运费结算单据

　　准予抵扣的运费结算单据(普通发票)，是指国营铁路、民用航空、公路和水上运输单位开据的货票，以及从事货物运输的非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货票，不包括增值税一般纳税人取得的货运定额发票。

　　一般纳税人取得的汇总开具的运输发票，凡附有运输企业开具并加盖财务专用章或发票专用章的运输清单，允许计算抵扣进项税额。

　　凡开具给增值税一般纳税人的货物运输业发票，必须填写该增值税一般纳税人的名称和纳税人识别号。自开发票的，应在运费发票下方正中央加盖有开票人识别号、主管地税局名称和代码等内容的“开票人专用章”和财务专用章。此外，《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理有关问题的通知》(国税发明电[2003]第055号)规定，如果地税局代开货运发票时，应加盖代开票地税局发票专用章，专用章要有代开票地税局名称和地税局代码。否则不予抵扣增值税。

　　(四)运输发票填写具体要求：

　　从2004年7月1日起，全国统一使用《公路、内河货物运输业统一发票》。

　　1、该发票必须采用税控收款机系列产品开具，手写无效。

　　2、根据国税发明电[2003]55号规定，准予计算进项税额扣除的货运发票的填写，其发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运输单价、运费金额等项目的填写必须齐全，与购货发票上所列的有关项目必须相符，否则不予抵扣。

　　3、根据国税发[2004]88号，增值税一般纳税人在2004年3月1日以后取得的货物运输业发票，必须按照《增值税运费发票抵扣清单》的要求填写全部内容，对填写内容不全的不得予以抵扣进项税额。增值税一般纳税人取得的联运发票应当逐票填写在《增值税运费发票抵扣清单》的《联运》栏次内。增值税一般纳税人取得的内海及近海货物运输发票，可暂填写在《增值税运输发票抵扣清单》的《内河运输》栏内。

　　4、填开发票时，需要录入的信息除发票代码和发票号码(一次录入)外，其他的内容包括：开票日期、收货人及纳税人识别号、发货人及纳税人识别号、承运人及纳税人识别号、主管税务机关及代码、运输项目及金额、其他项目及金额、代开单位及代码(或代开税务机关及代码)、扣缴税额、税率、完税凭证(或缴款书)号码、开票人。在录入上述信息后，税控收款机按规定程序自动生成并打印的信息包括：机打代码、机打号码、机器编号、税控码、运费小计、其他费用小计、合计(大写、小写)。录入和打印时应保证机打代码、机打号码与印刷的发票代码、发票号码相一致。

　　5、为了保证在稽核比对时正确区分收货人、发货人中实际受票方(或抵扣方)，在填开《货运发票》时应首先确认实际受票方，并在纳税人识别号前打印"+"号标记。"+"号与纳税人识别号之间不留空格。在填开收货人及纳税人识别号、发货人及纳税人识别号、承运人及纳税人识别号、主管税务机关及代码、代开单位及代码(或代开税务机关及代码)栏目时应分二行分别填开。

　　6、有关项目的逻辑关系：运费小计=运费项目各项费用相加之和;其他费用小计=其他项目各项费用相加之和;合计=运费小计+其他费用小计;扣缴税额=合计×税率。税率按法律、法规规定的税率填开。

　　7、《公路、内河货物运输业统一发票》应如实一次性填开，运费和其他费用要分别注明。"运输项目及金额"栏填开内容包括：货物名称、数量(重量)、单位运价、计费里程及金额等;"其他项目及金额"栏内容包括：装卸费(搬运费)、仓储费、保险费及其他项目和费用。备注栏可填写起运地、到达地和车(船)号等内容。 《国家税务总局关于使用公路、内河货物运输业统一发票有关问题的通知》(国税函[2004]557号)

　　(五)运输发票抵扣时限：

　　增值税一般纳税人取得2003年10月31日以后开具的运输发票，应当在开票之日起90天内向主管税务机关申报抵扣，最迟不应超过自发票开具日90天后的第一个纳税申报期结束以前。

　　(六)运输发票信息采集：

　　增值税一般纳税人申报抵扣需进行电子信息采集，对于公路运输和内河运输发票必须逐票录入《增值税运输发票抵扣清单》，铁路运输、航空运输、管道运输和海洋运输发票抵扣信息可以汇总录入。纳税申报时需报送《增值税运输发票抵扣清单》纸质资料及电子信息。未按要求报送《增值税运输发票抵扣清单》的，可退回纳税人重新报送。当月仍不报送的，其运输发票进项税额不得抵扣。如果纳税人无使用信息采集软件的条件，可以委托中介机构代为采集。中介代理机构代理一般纳税人纳税申报的，必须同时代理录入运输发票抵扣信息。未按要求报送《增值税运输发票抵扣清单》的，可退回纳税人重新报送。当月仍不报送的，其运输发票进项税额不得抵扣。

　　从2003年12月1日起，国家税务局对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对。比对不符的，一律不予抵扣。对比对异常情况由稽查部门进行稽查，经查实确有问题的，由主管税务局追回已抵扣税款，并按《中华人民共和国税收征收管理法》等有关规定进行处罚。 《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》(国税发[2003]121号)

　　(七)运输发票盖章规定：

　　1、地方税务局代开货运发票时，应加盖代开发票地方税务局发票专用章，专用章要有代开票地方税务局名称和地方税务局代码。

　　2、中介机构(代开发票纳税人)代开货运发票时，要加盖中介机构开票人专章，专章的左边为中介机构纳税人识别号，中间为中介机构主管税务局名称，右边为中介机构主管税务局代码。

　　3、自开票纳税人开具货运发票时，应加盖财务章或发票专用章。

　　《国家税务总局关于使用公路、内河货物运输业统一发票有关问题的通知》(国税函[2004]557号)、《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理有关问题的通知》(国税发明电[2003]55号)

　　(八)铁路运费特殊规定

　　根据国税函发[1995]288号、国税发[2000]14号、国税函[2000]1037号、国税函[2003]970号等文件规定，增值税一般纳税人取得铁路运费抵扣的条件为：一是规定的运费结算单据(普通发票);二是规定的项目费用;三是列举的铁路线，三者必须同时具备才能进行抵扣。企业拥有的铁路专用线不属于列举的铁路线，对纳税人取得的拥有铁路专用线的企业开具的铁路运费单据，不能作为铁路运费结算单据计算进项税额抵扣。

　　1、对铁路运输部门开具的北疆线、西康线、上铅线、内六线、福前线、塔十线、广深线、南疆线货票运费，允许按7%的扣除率计算抵扣进项税额。

　　2、中国铁路包裹快运公司(简称中铁快运)为客户提供运输劳务，属于铁路运输企业。因此，对增值税一般纳税人购进或销售货物取得的《中国铁路小件货物快运运单》列明的铁路快运包干费、超重费、到付运费和转运费，可按7%的扣除率计算抵扣进项税额。 《国家税务总局关于铁路运费进项税额抵扣有关问题的补充通知》(国税函[2003]970号)

　　3、增值税一般纳税人购进或销售货物(固定资产除外)所支付的运输费用(包括未列明的新增的铁路临管线及铁路专线运输费用)准予抵扣。准予抵扣的范围仅限于铁路运输企业开具各种运营费用和铁路建设基金，随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得抵扣。

　　4、一般纳税人购进或销售货物(东北以外地区固定资产除外)通过铁路运输，并取得铁路部门开具的运输发票，如果铁路部门开具的铁路运输发票托运人或收货人名称与其不一致，但铁路运输发票托运人栏或备注栏注有该纳税人名称的(手写无效)，该运输发票可以作为进项税额抵扣凭证，允许计算抵扣进项税额。

　　5、东北地区扩大增值税抵扣范围企业购进或销售固定资产支付的运输费用准予抵扣。 本条规定从2005年4月1日起执行《国家税务总局关于铁路运费进项税额抵扣问题的补充通知》(国税函[2005]332号)

　　(九)其他运输发票抵扣规定

　　对于《国际海运业运输专用发票》有注明国内的运费金额的，国内运费金额部分可计算进项税额申报抵扣。